Новосибирск — крупный транспортный узел Сибири: через него проходит Транссибирская магистраль, железные и шоссейные дороги. Новосибирск связывает Сибирь, Дальний Восток, Среднюю Азию с европейскими регионами России. Человеческие и торговые потоки в значительной степени способствуют развитию города. Вокзал «Новосибирск Главный» является одним из самых крупных в стране. Согласно архитектурному замыслу, его здание воспроизводит форму старинного паровоза.

Новосибирск является также речным портом, и для города пересечение водных и наземных путей стало дополнительным фактором роста. Речной порт находится в непосредственной близости от знаменитого моста через Обь. Навигация на Оби состоит из перевозки транзитных грузов на дальние расстояния, местных пассажирских перевозок и добычи песка.

В городе имеется два аэропорта: Толмачёво и Северный (Городской).

Автобусные пассажирские перевозки впервые в городе были организованы в июле 1923 года, в декабре 1957 пущены первые троллейбусы.

Новосибирск — первый город в Сибири, в котором был пущен метрополитен (в декабре 1985). В настоящее время работают две его линии, состоящие из 12 станций. Часть электропоездов оборудована телевизорами, транслирующими развлекательные и информационные видеоролики для пассажиров метро.